El Lago titicaca tiene origen marino, en su proceso de formación tuvo lagos predecesores como: el Lago Mataro a 3950msnm, el Lago Cabana a 3900m, el Lago Ballivián 3860m., el Lago Minchin 3825m, y el Lago Tauca. El Lago Titicaca es compartido por Perú y Bolivia, está a 3810 msnm. Está dividido en 2 cuencas: el lago Mayor o Chucuito y el lago Menor o Wiñaymarca ambos unidos por el estrecho de Tiquina (850m. de ancho por 21m. de profundidad mínima). Es paso obligado en el tránsito de Yunguyo a Copacabana La Paz (Bolivia).

En el lago Mayor hay 43 islas; las más importantes por su desarrollo cultural y extensión son Amantani, Taquile, Soto y Suasi(en el Perú) y Del Sol, De la Luna(en Bolivia). En el Lago Menor hay 29 islas, las más importantes son Anapia, Suana y Yuspique(en Perú), Taquiri, Suriqui(en Bolivia). En la bahía Interior de Puno delimitada por las penínsulas de Capachica y Chucuito, se encuentran las islas de Los Uros con mas de 15 islas.

En cuanto a su fauna, las aves como: huallata, gaviota, kele, chullumpi, lequeleque, variedad de patos, choca, totorero, flamenco, chorlo playero, etc., peces como carachi, ispi, suche, pejerrey, boga, etc. Anfibios como los sapos común y acuático, especies microscópicas de artrópodos, moluscos, crustáceos, algas.